John Petrucci urodził się w 1967 roku. Dorastał w Long Island,
a ściślej w Kings Park, gdzie wraz z Johnem Myungiem i Kevinem Moore'em uczęszczał do szkoły.
Zaczął grę na gitarze w wieku 12 lat (nie licząc krótkiej przygody z tym instrumentem po tym,
jak mały John zauważył, że jego siostra kładzie się spać później
ze względu na lekcje nauki gry na organach.
Misterny plan Johna spalił jednak na panewce, bowiem jego lekcje nauki gry na gitarze
odbywały się zaraz po zakończeniu zajęć szkolnych,
więc John wkrótce stracił zainteresowanie tym instrumentem.
John szybko zdał sobie sprawę z tego, którzy artyści go inspirują
i był zdeterminowany wspiąć się na ich poziom.
Wczesnymi inspiracjami byli: Yngwie Malmsteen, Randy Rhoads , Iron Maiden,
Stevie Ray Vaughan , Yes, Rush.
Rozwój muzyki metalowej i thrash metalu spowodował, że inspiracje Johna poszerzyły się
o zespoły takie jak Metallica i Queensryche.
Z czasem John stwierdził jednak potrzebę większych wyzwań i postanowił przestudiować
i opanować style gry takich wirtuozów instrumentu jak Steve Morse, Steve Vai,
Allan Holdsworth, Al Di Meola, Mike Stern, Joe Satriani, Neal Schon oraz Eddie Van Halen.
Muzyczna edukacja Johna rozpoczęła się lekcjami muzycznej teorii w szkole średniej.
Będąc w zasadzie samoukiem otrzymał kilka lekcji,
a następnie rozpoczął naukę w Berklee College of Music w Bostonie.
Tam uczył się kompozycji i harmonii jazzowej. Podczas nauki w Berklee Petrucci i John Myung,
który też studiował na tej uczelni,
spotkali perkusistę Mike'a Portnoy'a i założyli zespół pod nazwą Majesty,
który następnie przekształcił się w Dream Theater.